På afdeling A undervises elever med diagnoser inden for autisme-spektrumsforstyrrelser (ASF) og elever, som har behov for den forudsigelige og visuelle pædagogik. 

Fjordskolens afdeling B er en afdelingen for elever i alderen 6 til 17 år med vidtgående udfordringer i for

På afdeling D undervises elever med fysiske funktionsnedsættelser og syndromer. Der tages afsæt i en neuropædagogisk tilgang til elevgruppen.

På afdeling E undervises elever med opmærksomhedsforstyrrelser og socioemotionelle vanskeligheder. Elevgruppen er målt på funktionsniveau, fra svagt fungerende til velfungerende.

Målsætningen er overordnet at give børn og unge med funktionsnedsættelser et meningsfyldt og udbytterigt fritidstilbud.