Fjordskolen har et terapiteam bestående af ergo- og fysioterapeuter. Skolens afdelinger har hver en primær terapeut tilknyttet. Organiseringen opstår omkring eleverne. Terapien forsøger hele tiden at tilpasse fagligheden til de komplekse problemstillinger, der opstår – præcis som resten af Fjordskolen og visionen.
Terapiens kerneopgave er at muliggøre elevens skolegang. Dette gøres gennem et sundhedsfagligt og kropsligt perspektiv. Terapien arbejder hver dag med forskellige indsatser for at skabe ro i krop og hjerne hos eleven. Målet er at øge den kropslige trivsel og dermed undervisningsparatheden.
Et terapiforløb er et samarbejde - Lærere, pædagoger og forældre er vigtige partnere.
Den terapi, som eleverne modtager, kan se ud på mange forskellige måder, f.eks. terapiforløb med fokus på sanseintegration, forskellige hold, test af motorisk funktionsniveau, indstilling af skolemøbler samt hjælpemidler m.m. Derudover har Fjordskolen et varmtvandsbassin, som bruges til terapi.